Los restos arqueológicos encontrados datan su existencia ya en el paleolítico. También fue poblada por romanos, y visigodos, habiéndose encontrado de esta época dos pequeñas necrópolis. La presencia humana se acentúa en la época musulmana, es en este momento histórico cuando aparece la aldea de Albuher, pequeño núcleo de población situado en el mismo lugar que ahora se alza Villamanrique. Fue conquistado por el rey de Castilla Alfonso VI. Durante la segunda mitad del siglo XVIII y la primera del XIX Villamanrique experimentó un crecimiento de su territorio y de su población, influyendo en ello la creación de las Reales Salinas de Carcavallana y la adhesión a su territorio del término de Buenamesón, que perteneció en su tiempo a la Orden de Santiago. Se trata de un municipio con casas encaladas y cuyo paisaje se ve influenciado por el paso del río Tajo.